国家自然科学基金资助项目主要支持研究人员在自然科学基金会每年公布的《项目指南》的资助范围之内自主选题，参与竞争。申请书撰写的好坏直接关系到申请的成败，这就要求申请者在撰写申请书时能充分展示其学术思想的新颖性和研究路线的可行性，不仅能“摆事实”，说清楚自己拟开展的工作有研究价值，而且能够“讲道理”，阐明自己拟开展的研究工作为什么有价值，拟解决什么科学问题或学术问题，创新点在哪里，向自然科学基金会提供一份高质量的申请书。本节将向申请者就申请书的撰写要点提供若干参考建议。 
　　1 关于立项依据与研究内容
　　对国内外的研究现状进行广泛深入的调研，既要介绍国外动态，更要介绍国内研究的情况。列出国内外同行的工作，指出需解决的共性问题。
　　介绍国内情况应包括申请者本人的研究工作，这样可以使评议人从中了解申请者的一些思路。
　　必须阐明申请者拟开展本项研究工作的充足理由以及理论和学术意义。 
　　主要参考文献要显示国内外关键性的研究工作，要注意文献的时效性(经典文献除外)。
　　研究内容应紧紧围绕研究目标，要集中精力解决科学问题，避免内容庞杂或空泛，重点不突出。
　　研究目标应是解决学术性问题，避免目标设置偏大、解决一个非学术性的目标或做一件达到某一指标的具体工作，同时也要避免泛泛探索规律的研究。
　　拟解决的关键问题要清楚，避免漏写此项。
　　研究方法、技术路线要具体、清晰。
　　注意知识产权的保护，即能说明问题，又不暴露“技术诀窍” 
　　要从学术思想角度提出可行性分析，不能仅就研究队伍和研究条件方面进行介绍和分析，只有上述三方面优势的综合，才是取得成果的关键。
要提出拟开展的研究项目的研究特色和新颖的学术思想，对创新性内容的提出和分析必须科学和严谨。
　　要注意研究条件的特色不能完全代表项目的研究特色，更不能代表新颖的学术思想。
　　不要泛泛空谈学科交叉，申请者要阐明拟申请项目的交叉点在哪里，对相关学科发展的促进作用如何。对基础研究而言，填补国内空白不是特色与创新。
　　研究计划要尽量具体，以便评议人了解申请人研究进度是否合理。
　　预期进展可给出一个大致的设想。
　　预期的研究结果要与研究目标相吻合。研究结果要注重质量。研究生的培养要注重水平的提高。
　　2 关于研究基础与工作条件
　　工作基础指申请者和项目组主要成员与本项目有关的研究工作积累以及已取得的研究工作成绩，不是指所在单位研究集体或者导师的工作。工作条件包括已具备的实验条件，尚缺少的实验条件和拟解决的途径，以及利用国家重点实验室和部门重点实验室的计划与落实情况。申请者简历必须包括申请者和项目组主要成员的学历和研究工作简历，近期已发表与本项目有关的主要论著和获得的学术奖励情况及在本项目中承担的任务。要列出相关论文(著)所有作者排序、论文(著)名称、期刊(出版社)名称、发表(出版)时间。 申请者和项目组主要成员正在承担的科研项目情况，包括自然科学基金项目和其他国家科技计划项目，要注明项目的名称和编号、经费来源、起止年月、负责的内容等，为了使评议人能够了解拟申请的项目与正在承担的项目的关系与区别，应对正在承担的项目的研究任务和重点给出简单的说明。