2.税率的次优性。理论上说，为了使全社会成本内在化，环境税税率应该确定在污染削减的边际成本与边际收益的交界点上。实际操作中，政府不宜按“全成本”定价把税率定得太高，而应结合具体的目标影响和地区差异来定。因为税率定得太高，有可能造成生产抑制，导致社会为了实现“过分”清洁而付出过高代价。从对具体产品的控制目标出发也应设计差别税率，如普遍实行的对含铅汽油的较高税率和对无铅汽油的较低税率。同时，税率设计不必追求全国各地的高度统一，应该允许各地区从自身对环境质量的不同要求出发进行微调，形成一定的税率差异。
（三）环境税实施中应注意的几个问题
1.环境税收入的使用。征收环境税的收入，一般来说有两个使用方式：一是指定用于特定的环境保护活动，即专款专用，二是纳入一般预算收入使用。前者的优点在于：首先，它具有较高的可接受性。告知纳税人所纳税款被全部用于与改善环境有关的活动，或运用到那些受新税种影响最大的群体身上，有助于新税种获得支持。其次，在环境税还处于起步阶段、税率较低、结果无法达到较为理想的环境目标的情况下，专款专用制度有利于改善环境。而纳入一般预算的环境税收一般用来制定补偿计划，以抵消环境税可能带有的累退性，实现公平。丹麦、瑞典、挪威等OECD国家的税收改革采用的就是这种做法，如征收二氧化碳税奉行税收中性的原则，收取的税款通过降低企业缴纳的社会保险税金额、资助企业进行污染治理或安装防治污染设施等方式返还给企业。但这主要源于这些高收入国家的总体税负较重，因此强调“收入中性”。而我国的国情与这些国家大相径庭，财政收入形式尚不规范，总体税负并未过重，因此这种收入中性化的做法在长远时期应予以考虑，短期内还应采用专款专用制度。
2.环境税管理的级次。环境问题既包括地区性问题，也包括跨区域、全国性的问题，甚至还有国际性的问题。因此，有必要在中央与地方两个层次上进行设计。从中央角度看，应制定各地环境条件的评价规则，以及对应于不同环境状况分别设置的差别税率，应将国内跨区域环境问题的治理纳入中央的管理范围，对于涉及国际合作的问题，采取多种多样的共同措施。同时，应赋予地方政府一定的征税自主权，但必须严格管理。明确限定范围。
3.环境税与其他环境政策的配合。不同的调控手段具有各自不同的特点，而宏观调控作为一个整体，需要不同调控手段的有机配合。如税收手段与管制手段的配合：管制手段为环境税收手段的刺激作用提供了基本的“支撑”（如规定了排放标准、技术标准等），税收手段又成为命令控制制度的有益的必要补充。又如税收手段与收费手段的配合：西方各国的环境税中普遍包括了与环境有关的各种专项收费和使用费，其原因是“费”的简便易行和灵活。随着污染程度的变化需要不断对征收标准进行调整时，更宜采用收费形式
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